SMAK Seminari Mario John Boen memiliki beberapa fasilitas penunjang. Di antaranya adalah:
- Gedung sekolah dengan ruangan kelas yang memadai (masing-masing ruang kelas dilengkapi dengan proyektor sebagai media dalam pembelajaran)
- Gedung asrama yang memadai.
- Laboratorium komputer
- Laboratorium bahasa
- Perpustakaan sekolah
- Ruangan musik
- Lapangan basket
- Lapangan voli
- Lapangan futsal
Gedung Sekolah
- Semua
- Ruang Kelas
- Laboratorium
- Perpustakaan
- Lapangan
- Lorong
- Ruang Guru
- Kapel
